病菌为半知菌亚门、丝孢纲、丛梗孢目、镰刀菌属的黄瓜尖镰孢菌。菌丝白色，棉絮状，有隔膜和分枝，培养基底部呈浅紫红色，或淡黄色。小型分生孢子无色，长椭圆形，单胞或偶有1个分隔，量多；大型分生孢子无色，镰刀形或纺缍形，1-5个分隔，多数3个分隔，顶端细胞长且尖，足胞不明显，量少。厚垣孢子淡黄色，圆形。尖镰孢菌除危害黄瓜的专化型外，尚有危害西瓜、甜瓜、丝瓜的三个专化型。局部地区还有镰孢菌危害黄瓜。
棉花枯萎病的防治方法主要有大力推广种植抗病的优良品种；适时播种、起垄种植；轮作换茬、增施有机肥；清除病株、控制病情。在播种前还可以进行种子消毒和土壤处理进行病害预防。在病害发生初期，还可以用化学药剂进行防治
1993年在后的一块净土澳大利亚发现该病害后，该病害已遍布世界各产棉区。在中国，番茄青枯病治疗方法，棉花枯萎病的发生危害一度十分猖獗，1970-1985年期间在各大棉区严重发生，并被列为植物检疫对象。随着各地陆续出现，1990年后从植物检疫对象名单中取消
农业防治种植抗病品种：如果土壤内积累一定数量的棉花枯萎病菌，并连续种植抗病品种，发病程度大幅度下降。大力推广种植抗病的优良品种是防治枯萎病为经济有效的途径。 [1] 适时播种、起垄种植：棉花播种过早，地温低、棉苗出土迟缓、易受各种病菌侵袭，引起烂种、烂牙。出苗后又易遭寒流侵袭，降低棉苗的抗病能力，苗弱容易造成枯萎病的发生。在同等条件下，起垄种植能提早出苗3-5天，而且棉苗壮、抗逆性强。 [1] 轮作换茬：棉花枯萎病菌在土壤中存活年间长，与小麦等和谷类作物轮作，可明显减轻发病，创造不利于病菌生存的条件和空间。 [1]
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