依据代谢物质的有无或多少来显示病原菌侵染植物的过程。荧光蛋白标记病原菌结合激光共聚焦扫描显微镜观察可以揭示在亲和与非亲和状况下病原菌侵染过程的组织学和细胞学特征，可以比较病原菌侵染不同抗性种质的差异或不同小种侵染同一种质的差异。但是尚不清楚孢子如何地粘附到植物表面，是被物理的或化学的信号刺激，还是孢子与植物表面存在着非常专化的相互作用，有待进一步的研究。
内部症状因属于维管束病害，内部症状很明显。在中柱髓部及周围，有黄红色病变的维管束，成斑点状或线条状，越近茎基部病变颜色越深，根部木质导管变为红棕色，并逐渐变成黑褐色而干枯。球茎变成黑褐色并逐渐腐烂，有特殊臭味。
病原菌是真菌，尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum f. sp.）。产生两种类型的分生孢子。大型分生孢子镰刀形，3～5个分隔，多数3个分隔；小型分生孢子单胞或双胞，卵形或圆形。菌核暗黑色，直径O．5～1毫米，大达4毫米。原膜孢子椭圆形至球形。此菌有4个生理小种， 以古巴生理小种 4号为严重；大密哈(AAA)对1号小种十分感病，但抗2号小种；勃拉戈(ABB)相对感2号小种；但抗1号小种；3号小种只侵害羯尾蕉；矮把香芽蕉原是抗病品种，西葫芦软腐病怎么防治，但1976年在台湾出现4号小种，造成严重损失。
辣椒枯萎病在辣椒整个生长期均可发生危害。主要在幼苗期或开花坐果期发生，为害根部或根颈处。发生初期，由于病原菌在侵入辣椒根茎初期产生的镰刀菌在植株蒸腾作用较大时影响了根茎对水分的吸收，致使辣椒在白天出现类似缺水性的萎蔫，但夜间可恢复。苗期该萎蔫现象持续出现2-3天后，辣椒下部叶片开始变黄或脱落，直至终整株苗萎蔫，辣椒根颈部可见明显水渍状褐色病斑。到发病中期，根茎表皮由水渍状变为褐色，剖开其根茎部，维管束变褐并有向上漫延的趋势。后期发病严重时，全株叶片萎蔫，枯死。若田间湿度大，发病部位还常见病原菌菌丝形成的白色霉状物
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