轮作：与非瓜类作物实行3-5年的轮作倒茬是防治甜瓜枯萎病的重要农业措施。茬口以选择小麦、豆类、休闲地，其次是棉花、玉米等。此外，采用洋葱和大蒜作为轮作物，可明显减轻甜瓜枯萎病的为害，也可实行水旱轮作，选择中性或微酸性的砂壤土种植。 [2] 加强栽培管理：加强栽培管理是重要的农业防治手段。主要措施包括合理施用磷、钾肥和充分腐熟的肥料；适当中耕，提高土壤透气性，促进根系粗壮，增强抗病力；小水沟灌，冬瓜软腐病治疗方法，适当控制浇水，保持土壤半干湿状态，忌大水漫灌，及时清除田间积水；发现病株及时拔除，收获后清除病残体，减少菌源积累。
早熟品种中又以白色品种抗病性差。而绿皮、花皮、黄皮种群的品种抗性较好。抗病育种是防治甜瓜枯萎病的重要手段，但存在育种周期长、抗病品种资源稀少、病原菌生理小种的致病力分化且不稳定、多基因控制抗病性、遗传规律较复杂等问题，难以完全满足生产的需要。有了抗病品种，还应注意培育壮苗。选用种子，经52℃温汤浸种10分钟后催芽播种；在育苗土配置过程中，要加入土壤消毒剂，使秧苗子叶肥大，叶色浓绿，茎节粗壮、根系集中。
外部症状
成株期病株先在下部叶片及靠外的叶鞘呈现特异的黄色，初期在叶片边缘发生，然后逐部向中肋扩展，与叶片的深绿部分对比显著。也有整片叶子发黄的，感病叶片迅速凋萎，由黄变褐而干枯，其后一片顶叶往往迟抽出或不能抽出，后病株枯死。有个别虽然不随即枯死，但果实发育不良，品质低劣。母株发病，在地上部（即假茎）枯死后，其地下部（即球茎）不立即枯死，仍能长出新芽，继续生长，要到生长中后期才显现症状。 [3]
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