病菌可通过中耕、浇水、农事操作等近距离传播，病残体遇高湿的条件也可长出孢子借气流或风雨传播，从而进行侵染。棉花枯萎病菌的远距离传播，主要是借助于附着在棉花种子上的病菌和带菌的棉籽饼。
棉花枯萎病是典型积年流行病。病害的发生与消长受气候条件、耕作制度、栽培管理及土壤中线虫等因素影响。 [3] 气候条件温度和湿度是影响枯萎病发展的主要因素。通常当土壤温度达20℃左右时，大蒜软腐病能治好吗，田间棉苗开始发病，其后随着土温的升高，病情逐趋加重，当达25-30℃时，形成发病高峰。夏季当土温升高到33-35℃时，病害停止发展，秋季随着温度的下降，田间可岀现第二次发病高峰。
内部症状因属于维管束病害，内部症状很明显。在中柱髓部及周围，有黄红色病变的维管束，成斑点状或线条状，越近茎基部病变颜色越深，根部木质导管变为红棕色，并逐渐变成黑褐色而干枯。球茎变成黑褐色并逐渐腐烂，有特殊臭味。
病原菌是真菌，尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum f. sp.）。产生两种类型的分生孢子。大型分生孢子镰刀形，3～5个分隔，多数3个分隔；小型分生孢子单胞或双胞，卵形或圆形。菌核暗黑色，直径O．5～1毫米，大达4毫米。原膜孢子椭圆形至球形。此菌有4个生理小种， 以古巴生理小种 4号为严重；大密哈(AAA)对1号小种十分感病，但抗2号小种；勃拉戈(ABB)相对感2号小种；但抗1号小种；3号小种只侵害羯尾蕉；矮把香芽蕉原是抗病品种，但1976年在台湾出现4号小种，造成严重损失。
病菌为半知菌亚门、丝孢纲、丛梗孢目、镰刀菌属的黄瓜尖镰孢菌。菌丝白色，棉絮状，有隔膜和分枝，培养基底部呈浅紫红色，或淡黄色。小型分生孢子无色，长椭圆形，单胞或偶有1个分隔，量多；大型分生孢子无色，镰刀形或纺缍形，1-5个分隔，多数3个分隔，顶端细胞长且尖，足胞不明显，量少。厚垣孢子淡黄色，圆形。尖镰孢菌除危害黄瓜的专化型外，尚有危害西瓜、甜瓜、丝瓜的三个专化型。局部地区还有镰孢菌危害黄瓜。
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