生物菌肥(微生物肥料)是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。其在我国已有近50年的历史，从根瘤菌剂——细菌肥料——微生物肥料，底施生物有机肥的使用，从名称上的演变已说明我国微生物肥料逐步发展的过程。 长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。一种看法认为它肥效很高，把它当成能肥料，甚至扬言可以完全取代化肥;另一种看法则认为它根本不是肥料。其实这两种都是偏见。国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。因此，底施生物有机肥的使用，我们认为它是肥料，又与传统化肥和有机肥在概念和内涵上不同。微生物肥料是活肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，生物有机肥的使用，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。
生物有机肥广义
俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。
另外还包括饼肥（菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等）；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等。
主要是以供应有机物质为手段，借此来改善土壤理化性能，促进植物生长及土壤生态系统的循环。
部分“广义上的有机肥”品种：
堆肥：各类桔秆、落叶、青草、动植物残体、人畜粪便为原料，按比例相互混合或与少量泥土混合进行好氧发酵腐熟而成的一种肥料。
沤肥：沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成.
厩肥：指猪、牛、马、羊、鸡、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料.
沼气肥：在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。
绿肥：利用栽培或野生的绿色植物体作肥料。如豆科的绿豆、蚕豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科绿肥有黑麦草、肥田萝卜、小葵子、满江红、水葫芦、水花生等。
作物秸秆：农作物秸秆是重要的肥料品种之一，作物秸秆含有作物所必需的营养元素有N、P、K、 Ca、s等。
在适宜条件下通过土壤微生物的作用，这些元素经过矿化再回到土壤中，为作物吸收利用。
促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等。
抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。
近年来，各类有关菌肥的研究多集中在固氮菌类、微生物拌种剂和复合菌类等方面，下面来简要介绍一下。
固氮菌类：指能在土壤或作物根际生活，并固定空气中氮气的微生物为jun种，用液体深层发酵而制成的huo体制品，施入土壤后能提高作物吸收氮肥的能力。
微生物拌种剂：此类菌肥以草炭作为吸附剂，表面吸附菌肥，在播种或定植前浸泡种子或根部有较好的效果，其原因是菌肥内的微生物提高植物根部吸收营养元素的能力，可使作物增产，并减少部分土传病害的发生。
复合生物菌肥：除了含有活性微生物外，还含有多种营养物质。有的是有机营养物质和微生物复混配的；有的则是有机物营养物质、无机营养物质和微生物混配的，可提高作物的产量、品质、抗病性，改良土壤理化性质，天然生物有机肥的使用，维持环境平衡。
生物菌肥主要作用
1、提高土壤肥力：有些菌剂可以增加土壤中氮磷钾营养元素的含量；还可以提高一些土壤酶类活性，有利于土壤中养分的转化方便植物的吸收利用。另外，在菌肥的帮助下会产生大量的二氧化碳，可提高土壤保水、保肥能力。
2、促进难溶的矿质营养释放：生物菌肥使土壤酶活性提高，使不溶性土壤养分溶解利于植物吸收。同时，还分泌一些有机酸性物质，能分解有机质，产生的糖有利于固氮细菌的生长。
3、帮助农作物吸收养分：如根瘤菌可刺激豆科植物的根部形成根瘤，使土壤中的氮转化为作物能吸收的氮肥。
4、增强植物抗病(虫)能力：生物菌肥中的微生物在土壤中能分泌抗生、杀虫剂及植物生长素。抗生及杀虫剂能杀灭植物病害及害虫的虫卵，植物生长素促进叶绿素含量升高，提高植物光合作用的能力。此外，还可促进植物产生大量的POD、SOD、CAT等酶类，以维持细胞膜的稳定性，提高植物防御能力。
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