植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因表达模式研究：通过植物原位杂交技术可以检测特定基因在不同组织或不同生长条件下的表达模式，有助于了解基因的功能和作用机制。
植物基因组研究：植物原位杂交技术可以用于基因组研究，例如染色体构象、基因组变异和基因组进化等方面，有助于深入了解植物基因组的特征和结构。
基因组原位杂交技术基因组原位杂交(Genome in situ hybridization，GISH)技术是20世纪80年代末发展起来的一种原位杂交技术。它主要是利用物种之间DNA同源性的差异，用另一物种的基因组DNA以适当的浓度作封阻，在靶染色体上进行原位杂交。GISH技术初应用于动物方面的研究(Pinkel et al.，1986)，在植物上早应用于小麦和栽培种的鉴定(余舜武等 2001；王文奎等 2000)。
原位杂交：
原位杂交是指用特定探针定位、检测DNA、RNA的一种有效的实验方法，通过把特点序列客隆到特殊载体上，通过转录酶反转一条天然的RNA探针，将探针和切片样品进行杂交，通过一系列显色方法，来确定RNA或者DNA表达区域；本中心原位杂交探针采用的是第高辛和生物素标记，灵敏度和同位素相当。 我们采用roche标记及显色试剂盒，GISH/ISH/FISH按照探针进行收费，动物组织原位杂交，每个试剂盒每条探针可以杂交60-80张玻片，收费为1万5千元，GISH杂交因需要加抗淬灭剂每条探针收费为1万9千元。量大优惠！
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