为什么有的基因定位结果与预想的不一致？
对于一个特定的定位载体，只要荧光表达较好，其定位结果是确定的，不会随人为意愿或操作而改变。至于有时候和预想的结果不一样，可能和蛋白本身、选择的表达载体以及荧光蛋白融合方式等有关。
为什么有的普通定位结果出来后无法准确判断其定位位置？
细胞中的细胞器复杂且多样，除一些常见的、特征比较明显的细胞器外，原位细胞凋亡检测，有些细胞器在激光共聚焦下形状比较相似，例如：线粒体、过氧化物酶体、高尔基体等细胞器，它们的荧光表达形状可能都是点状，因此不易区分。这时可以结合基因的其他功能研究来判断其可能表达的位置。另外，蛋白表达本身也是一个复杂的过程，涉及到多个合成场所及转运过程，自身表达情况可能比较复杂，因此不易判断具体的表达位置。
细胞膜及内膜系统相关的协同作用
黏着斑激酶（FAK）定位于细胞质黏着斑、细胞核和内体中。在细胞质黏着斑中，FAK 通过调控细胞黏着斑的解聚与组装及多个蛋白质的磷酸化从而调节细胞的增殖和迁移。在内体中，FAK 通过 FERM 结构域定位到内体并被。内体中整合素的信号转导时间比质膜上持续的时间更长，并且能够阻止肿1瘤细胞发生失巢凋亡，因此，内体 FAK 可通过抵抗失巢凋亡促进肿1瘤细胞的转移。而在细胞核中，FAK 可导致 p53 的多聚泛素化及降解，从而影响正常细胞的存活和肿1瘤细胞的生长。此外，核 FAK 还能够通过调节细胞的因子和趋化因子的表达促进肿1瘤免疫逃逸的发生。这表明 FAK 在不同亚细胞定位下，与不同的蛋白质协同作用，共同调控肿1瘤的发生和发展。
GFP是绿色荧光蛋白，在扫描共聚焦显微镜的激光照射下会发出绿色荧光，从而可以地定位蛋白质的位置。绿色萤光蛋白（GFP）是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质，从蓝光到紫外线都能使其激发，发出绿色荧光。通过基因工程技术，绿色萤光蛋白(GFP)基因能转进不同物种的基因组，在后代中持续表达，并且能根据启动子特异性地表达。
使用GFP必须构建融合蛋白载体，并在转染之后有效表达。这样，若在荧光显微镜下看到细胞内某一部位存在GFP信号，说明和GFP融合的蛋白也存在于该部位，这样就达到了确定某物质亚细胞定位的目的。
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