亚细胞定位原理
利用GFP、RFP等荧光蛋白具有的荧光性质和灵敏性，来示踪细胞内的蛋白。将目标蛋白与荧光蛋白的N端或者C端融合，通过瞬转或稳转，使该融合蛋白在受体材料细胞内表达，目标蛋白会牵引荧光蛋白一起定位到目标细胞器，经过激光共聚焦显微镜激光照射，荧光蛋白会发出荧光，通过观察荧光蛋白在细胞内显示的位置，从而可以确定目标蛋白的亚细胞定位情况，即可对蛋白质进行准确定位。
除了洋葱亚细胞定位，还有许多其他亚细胞定位方法。其中，比较常见的有：
荧光法：将学方法与荧光标记技术结合起来研究特异蛋白抗原在细胞内分布的方法。由于荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下检出，从而可对抗原进行细胞定位。用荧光技术显示和检查细胞或组织内抗原或半抗原物质等也称为荧光细胞(或组织)化学技术。
GFP融合蛋白表达法：将目的蛋白与绿色荧光蛋白(GFP)融合，通过荧光显微镜观察绿色荧光蛋白的表达位置。
亚细胞结构分离定位法。
禾谷菌 CgRab5A 的亚细胞定位研究：刘涵等人利用多片段一步法将 CgRab5A 自身启动子、GFP 片段和 CgRab5A 开放阅读框（ORF）片段到 pKNT 载体上，转化型禾谷菌的原生质体后，通过共聚焦显微镜观察 GFP-CgRab5A 在菌丝和孢子内的定位情况。结果表明，GFP-CgRab5A 在菌丝和孢子细胞内均呈点状分布，实时荧光定量，定位于早期内涵体上。
水稻 OsUF 的亚细胞定位：丁作美等人通过得到水稻 E3 泛素连接酶 — 泛素融合蛋白（OsUF）基因的 cDNA 序列，并利用 Gateway 同源重组体系将 OsUF cDNA 全长重组到融合表达绿色荧光蛋白（GFP）的表达载体上，通过农杆菌介导的烟草瞬时表达系统进行亚细胞定位。结果显示，OsUF 蛋白定位在细胞核。
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